La FISEL, anteriormente conocida como la FEPADE (Fiscalía Especializada para la Atención de Delitos Electorales), fue creada el 19 de julio de 1994 adscrita a la Procuraduría General de la República.

Con la entrada en vigor el 20 de mayo de 2021 de la Ley de la Fiscalía General de la República y con fundamento en el Artículo 4, la Fiscalía Especializada en materia de Delitos Electorales será la encargada de investigar y perseguir los delitos electorales establecidos en la Ley General en materia de Delitos Electorales y en cualquier otro ordenamiento legal en la materia.

La Fiscalía Especializada en materia de Delitos Electorales busca garantizar la equidad, legalidad y transparencia de las elecciones federales y locales en los casos que resultan de su competencia, contribuyendo a la legalidad en los procesos electorales en conjunto con el Instituto Nacional Electoral (INE) y el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación (TEPJF).